Die Initiative ein neues Ludwig Boltzmann Institut im Bereich der Krebsforschung zu gründen wurde 2004 initiiert und im September 2005 realisiert. Drei Wissenschafter des Instituts für Molekulare Pathologie (IMP), zwei Wissenschafter der Medizinischen Universität Wien und ein Wissenschafter vom Biozentrum Basel bildeten ein Team um ein gemeinsames Forschungsvorhaben zu initiieren, bei dem neue Wege in der Krebsforschung beschritten werden sollen.

Die grundsätzliche Idee ist es, in neuartigen Tiermodellen zu untersuchen, welche Genveränderungen zusammenwirken müssen, damit es zur Entstehung von bestimmten Tumoren kommt. Dieser wissenschaftliche Ansatz erfordert aufwändige molekularbiologische Arbeiten, die nicht von einer Gruppe alleine bewältigt werden können, sondern nur in einem größeren Team durch Zusammenarbeit mehrerer Gruppen. Die neue Initiative der Ludwig Boltzmann Gesellschaft größere Forschungseinheiten zu gründen, kam diesem Plan sehr entgegen. Gemeinsam wurde ein Forschungsantrag erstellt, der in einem zweistufigen Prozess von internationalen Gutachtern geprüft wurde. Dieser Antrag wurde von 5 Partner-Institutionen unterstützt (der Medizinischen Universität Wien, dem Institut für Molekulare Pathologie (IMP), dem Forschungsinstitut des St. Anna Kinderspitals und den beiden Biotech-Firmen TissueGnostics GmbH und Cell Danube AG) - und im Dezember 2004 als eines von 6 neuen Ludwig Boltzmann Instituten zur Finanzierung bewilligt. In den darauffolgenden Monaten wurde das Forschungskonzept zwischen den beteiligten Partner-Organisationen im Detail ausverhandelt und die Vorbereitungsarbeiten zur Gründung des Instituts begonnen. Am 1. September 2005 war es dann soweit: Das Institut wurde offiziell gestartet und die ersten wissenschaftlichen Arbeiten in neuer Umgebung begonnen. Inzwischen hat das Institut bereits an die 20 Mitarbeiter, die mit vollem Einsatz an der Umsetzung des Haupzieles arbeiten: einer neuartigen Technologie, um die Entstehung von Krebs im Tiermodell zu studieren.

In der Zwischenzeit konnten bereits zusätzliche Mittel akquiriert werden, womit 4 weitere Doktoranden-Stellen geschaffen wurden. Diese Stellen werden durch den Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (FWF) innerhalb einer Beteiligung an einem Spezialforschungsbereich (SFB F28 "Jak-Stat Signalling: from Basics to Disease") finanziert. Auf dieser Basis und mit Hilfe von internationalen Kooperationen werden viele neue Ideen und innovative Ansätze in der Krebsforschung aufgenommen und weiterentwickelt, mit dem Ziel therapeutisch wertvolle Modellsysteme für klinische Forschung zur Verfügung zu stellen.